Xcode のプロジェクト名を変更するには

プロジェクト＞名称変更... でいいらしい。

プロジェクトファイル名、ターゲット名、プリコンパイル済みヘッダ、Info.plist を一括で変更してくれます。
プロダクト名や、リンクマップファイルへのパス、ビルドディレクトリなど各種パスも、一度閉じて開き直すときちんと変更されていました。